Правильно —
«работа на фрилансе».
Объяснение:
Слово
«фриланс» в русском языке обычно воспринимается как
сфера деятельности (аналогично: "на заводе", "на телевидении", "на фрилансе"). То есть, выражение
«работаю на фрилансе» означает —
занимаюсь внештатной работой, работаю как фрилансер.
Например:
- Я уже три года работаю на фрилансе.
- Думаю перейти на фриланс.
- Работа на фрилансе дает больше свободы.

Форма
«во фрилансе» звучит неестественно и грамматически неверно — так не говорят.